1. Sekretariat Perwakilan
  • Pelaksanaan kegiatan kesekretariatan BPK Perwakilan
  • Pengurusan sumber daya manusia, keuangan, serta sarana dan prasarana di lingkungan BPK Perwakilan
  • Pemberian layanan di bidang hukum, hubungan masyarakat, teknologi informasi, administrasi umum, keprotokolan, dan perpustakaan di lingkungan BPK Perwakilan
  • Penyusunan Laporan Keuangan BPK Perwakilan dan penyiapan bahan penyusunan Laporan Keuangan BPK
  • Pemutakhiran data pada aplikasi SIMAK dalam rangka pengukuran IKU unit kerja pada lingkup BPK Perwakilan
  • Penyimpanan DEP pada lingkup tugas BPK Perwakilan
  • Penyiapan bahan penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja BPK Perwakilan
2. Subauditorat Kalimantan Utara Memeriksa pengelolaan dan tanggung jawab keuangan daerah pada Pemerintah Provinsi Kalimantan Utara, Kabupaten Nunukan, Kabupaten Bulungan, Kabupaten Malinau, Kabupaten Tana Tidung, Kota Tarakan, serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas tersebut di atas, termasuk melaksanakan pemeriksaan yang dilimpahkan oleh AKN
3. Subbagian Hubungan Masyarakat dan Tata Usaha Kepala Perwakilan Melaksanakan kegiatan di bidang kehumasan yang terkait dengan tugas dan fungsi BPK Perwakilan, mengelola perpustakaan, kesekretariatan, keprotokolan, menyiapkan informasi yang dibutuhkan oleh Kepala Perwakilan, pemutakhiran data pada aplikasi SIMAK dalam rangka pengukuran IKU unit kerja dan penyimpanan DEP pada lingkungan BPK Perwakilan.
4. Subbagian Sumber Daya Manusia Melaksanakan pengurusan sumber daya manusia di lingkungan BPK Perwakilan.
5. Subbagian Keuangan Melaksanakan kebijakan anggaran, perbendaharaan, penatausahaan dan pertanggungjawaban keuangan, serta menyiapkan bahan pendukung dalam rangka penyusunan Laporan Keuangan BPK di lingkungan BPK Perwakilan
6. Subbagian Umum dan Teknologi Informasi Melaksanakan pemberian layanan administrasi umum, pengelolaan arsip dan teknologi informasi, serta melaksanakan pengurusan prasarana dan sarana di lingkungan BPK Perwakilan
7. Subbagian Hukum Melaksanakan pemberian layanan di bidang hukum yang meliputi legislasi, konsultasi, bantuan dan informasi hukum yang terkait dengan tugas dan fungsi BPK Perwakilan